肺部真菌感染发病率呈增高趋势，易感人群为免疫力受损者，包括有慢性基础病、经常接受广谱抗生素治疗、接受糖皮质激素及免疫抑制剂治疗、器官移植后、重症感染、hiv患者，但部分免疫正常者也可患病。如接触鸽子引起的隐球菌感染，长期接触蘑菇培养者，及短期大量吸入真菌孢子者也可患病。
如跌入污水沟后毛霉菌感染、拆迁房屋吸入粉尘中的霉菌引起曲霉菌感染。侵袭性肺真菌病确诊需病理结果，故诊断较困难。但因感染后病情多较危重，进展快，故临床上常根据危险因素、影像学表现、微生物学结果进行经验性抗真菌治疗。明确致病真菌后再进行靶向治疗，抗真菌治疗疗程长、费用高。因此，当怀疑肺部真菌病时建议患者至正规的医院进行诊治。